Глобальная эпидемиология подтипов ВГС и связанных с резистентностью замещений, оцениваемых с помощью анализа подтипов

Описание: Новости о медицине, препараты, отзывы о компаниях

Administrator 2
Автор темы, Администратор
Администратор
Administrator 2
Автор темы, Администратор
Администратор
Репутация: 0 (+0/−0)
Лояльность: 3 (+3/−0)
Сообщения: 224
Зарегистрирован: 17.04.2017
С нами: 7 месяцев 7 дней

#1 Administrator 2 » 28.04.2017, 20:57

Глобальная эпидемиология подтипов ВГС и связанных с резистентностью замещений, оцениваемых с помощью анализа подтипов на основе секвенирования

Предпосылки и цели

Вирус гепатита C (HCV) сильно варьирует с 7 генотипами и 67 подтипами, охарактеризованными на сегодняшний день. HCV-генотип (GT) и подтип, а также наличие резистентных замещений (RAS) представляют собой ключевые вирусные детерминанты для выбора схем прямого противовирусного (DAA) лечения. Однако имеющиеся в настоящее время анализы генотипирования HCV имеют ограничения в дифференциации подтипов HCV, и распространенность RAS в разных подтипах в основном не определена.

Методы

В этом исследовании мы сравнили HCV GT и подтипы с секвенированием INNO-LiPA 2.0 против ампликона среди 8 945 пациентов из клинических испытаний фазы II / III DAAs. Мы также исследовали глобальную молекулярную эпидемиологию HCV у 12 615 пациентов. Распространенность подтипа РАС определялась популяцией или глубокой секвенировкой, и выполнялись филогенетические анализы, изучавшие разнообразие подтипов.

Результаты

Несмотря на высокую согласованность между INNO-LiPA и секвенированием для определения GT, INNO-LiPA было недостаточно для определения подтипов для GT2, 3, 4 и 6. Последовательность обеспечивала уточнение подтипа для 42%, 10%, 81% и 78% Больных GT2, 3, 4 и 6 пациентов, соответственно. Дискордантность GT (GT2-GT1) наблюдалась у 28 из 950 (3%) пациентов с GT2, что соответствовало рекомбинантам между генотипами. Анализ на основе последовательности показал различия в распространенности регионального подтипа, особенно в пределах GT2, 4 и 6. Распространенность RAS варьировалась по подтипу, с клинически значимым NS3 RAS Q80K, найденным в GT1a, 5a и 6a и NS5A RAS Y93H в GT1b, 3a, 4b , 4r и 7.

Выводы.

Вместе эти анализы обеспечивают понимание точности подтипов и распределения RAS, которые имеют решающее значение для реализации глобальных стратегий лечения ВГС.

Сводка с разбивкой

Анализ секвенирования, проведенный у 12 615 пациентов с HCV-инфекцией, исследовал три основных вопроса: (1) соответствие между секвенированием ампликона NS5B и INNO-LiPA для определения генотипа HCV (GT); (2) распространенность подтипов ВГС для каждого генотипа во всем мире; И (3) распространенность резистентных замещений (RAS) в разных подтипах. В целом, для определения GT было установлено высокое INNO-LiPA и согласование последовательности, но для определения подтипа для GT2, 3, 4 и 6 необходимы уточнения последовательности. Анализ на основе последовательности показал различия в распространенности регионального подтипа для некоторых генотипов, особенно в пределах GT2, 4 и 6, а распространенность RAS варьировала по подтипу, с клинически значимым NS3 RAS Q80K, найденным в GT1a, 5a и 6a и NS5A RAS Y93H в GT1b , 3а, 4b, 4r и 7.

Сокращения:

ALRT (приблизительный тест отношения правдоподобия), DAA (прямой противовирусный препарат прямого действия), GT (генотип), HCV (вирус гепатита C), NS (неструктурный), RAS (связанная с резистентностью замена), RdRp (РНК-зависимая РНК Полимераза), SOF (Sofosbuvir), США (США), UTR (непереведенный регион)

Вернуться в «Новости»

Кто сейчас на форуме (по активности за 5 минут)

Сейчас этот раздел просматривают: 1 гость
Боты: Bing [Bot]